Né à Châlette-sur-Loing (Loiret) en 1928, il fait ses études au collège de Montargis puis à la Sorbonne. Après de longs séjours en Angleterre, en Allemagne et aux Etats-Unis, il s’installe à Montpellier où il découvre un Sud méditerranéen qui marquera profondément ses oeuvres. Il a longtemps enseigné la littérature anglo-américaine dans cette ville, à l’Université Paul Valéry. Il habite maintenant dans un petit village de la garrigue languedocienne et se consacre à ses activités d’écrivain.
Entré en littérature à l’âge de 25 ans avec la publication aux éditions Seghers de son premier recueil « Les lignes de la main », Jean Joubert est d’emblée reconnu par ses pairs, reçoit le Prix Antonin Artaud, publie chez Gallimard et chez Grasset. Il fonde à Montpellier « Les Cahiers de la Licorne », avec Frédéric Jacques Temple, dont il restera proche toute sa vie.
Originaire du Loiret, devenu languedocien, il s’était enraciné avec bonheur dans « le Sud ».
Venu à la prose par la nouvelle et le roman, c’est en 1975 qu’il reçoit le Prix Renaudot pour « L’homme de sable » (Grasset) et que le grand public le découvre. Une notoriété de romancier qui profite à son oeuvre de poète.